En cuanto a los rendimientos y calibres, los resultados observados en plantaciones de melocotoneros ecológicos siempre han estado por debajo de los alcanzados en plantaciones convencionales. Estas reducciones pueden llegar al 20% en plantaciones experimentales y hasta el 50% en plantaciones productivas. Estas bajadas se explican por un menor vigor de los árboles en producción ecológica, una mayor incidencia de los daños causados por plagas y, sobre todo, por enfermedades de conservación. Estos resultados, sin embargo, se producen en variedades de frutales que fueron seleccionadas para la producción convencional, poco adaptadas a la producción ecológica. La utilización de variedades resistentes a ciertas enfermedades podría reducir sensiblemente estas diferencias de rendimientos.
Por otro lado, estas reducciones en los rendimientos de la producción ecológica están asociadas a una calidad superior del producto, con unos frutos muy sabrosos que presentan contenidos de azúcares y polifenoles más elevados. Los polifenoles tienen propiedades antioxidantes y estimulantes de las defensas naturales que los hacen particularmente interesantes para la salud humana.